综上所述，拿破仑想为自己建立一个地中海帝国，不仅仅是征伐作战问题，而是涉及建立一个国家，建立一个法兰西的大计。
征服埃及和恢复法国在印度的霸权，对于拿破仑性格上的两个方面都是非常具有吸引力的，使他为之神往。在世界历史上，极少有像他这样得天独厚的人，既有宏伟壮丽的理想，而又几乎实现了这一理想。
拿破仑的政治眼光，有时远瞩，有时洞察入微。他一方面策划着规模巨大的力量组合，另一方面又极其谨慎周详地指挥着每个细节的具体安排调整。在保持想象力和实干能力的绝妙平衡上，古代的恺撒大将也许可以与拿破仑相匹敌。
于是在得到法国政府的同意之后，拿破仑立即投入远征的各项准备工作中，他亲自前往土伦视察军舰，巡视海岸，挑选士兵。他几乎是一个一个地挑选那些同他在意大利作过战的士兵。
拿破仑的记忆力惊人，认识很多士兵，他知道哪个士兵勇敢，知道哪个士兵聪明、机敏，知道哪个士兵坚强，他还挑选了一批得力的指挥官。为了能在火辣辣的烈日下行进和作战，为了能走过一望无际的干旱沙漠，他必须挑选能吃苦的人。
与此同时还要积极筹备各种物资和装备，并且他一方面要观察国际势的变化，另一方面要关注英国纳尔逊舰队的动态。这对他来说无疑是一个巨大的挑战。但拿破仑的性格是他对此事乐此不惫。
对于一个主权国家发动战争显然不是一件轻松的事情。对于此次向埃及宣战拿破仑只提出这样一个借口：埃及的真正统治者土耳其官员在埃及境内偏袒英国人，并帮助他们迫害法国人。
同时拿破仑派遣官员前往土耳其，他竭力促使土耳其到统治者苏丹相信，法国侵入埃及是一个对土耳其友好的行为，因为这将推翻马穆鲁克在埃及的势力。而马穆鲁克和土耳其的关系一直不好。
这就是拿破仑向土耳其官方提出的论点。但是，事实证明，像这样的论点，土耳其人根本理解不了，难于充分领会。拿破仑所关心的，主要是要赢得由不同民族组成的被统治的民众的支持。
压在这些民众头上的是马穆鲁克，这是一个巨大的军事集团，他们有一支强大的骑兵，传说中这只骑兵就连曾经差点横扫世界的蒙古骑兵都击败过。
这只强大的骑兵，分别由两个埃及官员统率。他们并不承认奥斯曼土耳其在这片土地上所拥有的主权。
但所幸的是，这两个埃及统治者穆拉德与易卜拉欣彼此之间并不和睦。这也使得这个统治阶层矛盾分歧层出不穷，而他们之间的勇斗，又使得被统治的两族阿拉伯人和科普特人遭到不断的掠夺和勒索。
因此，看起来唤起他们去反对统治阶级是有可能的，只要小心谨慎地尊重全体人口所信奉的伊斯兰教规就行。为了这个目的，总司令告诫他的部队：对待穆斯林要像对待“犹太人和意大利人”一样；对他们的穆夫蒂和伊玛目，要像对“犹太教的经师和基督教的主教”一样地尊敬。
拿破仑还向埃及人宣告：尽管他要推翻马穆鲁克的，但他决意尊重穆斯林的宗教信仰。
“罗马教皇号召世人向穆斯林作战，难道不是我们法国人把教皇打垮的吗？马耳他岛上的骑士笨蛋们相信向穆斯林作战是上帝的旨意，难道打垮他们的不也是我们法国人吗？”被解放的埃及人民充分懂得拿破仑用以结束其公告的那些威胁性的话，这些话，是以不可抗拒的力量为后盾的。
……
终于1798年5月19日，拿破仑在一切都准备好了之后，率领有30000军队、近350艘舰艇的舰队，载着大炮，沿着地中海海岸悄悄向前推进。而安德雷身为拿破仑最欣赏的继承人，自然也在其中。
“怎么样，安德雷？第一次坐船的感觉怎么样？”法国地中海舰队旗舰东方号的甲板上，拿破仑对着安德雷询问道。
“很不错，大海的景色很美。让我有一种出来旅游的感觉。”安德雷轻松的说道，虽然此次是前往异国他乡作战，但安德雷的脸上却没有丝毫的紧张。
安德雷的从容，显然让拿破仑很是满意。身为一军统帅，无论何时绝对不能紧张。只要紧张就会出错，从而导致一场战争的失败。
“放心吧，我们要不了多久就会取胜。等到了那个时候，我们就有很多的时间来欣赏美景了。”
拿破仑轻轻拍了拍安德雷的后辈，满脸轻松的说道。
在做完这一切后，拿破仑便走到了甲板的下面，那里是他的指挥室。这段时间他几乎无时无刻都在这里。
拿破仑必须将这支舰队安全的带到埃及。同时还要防备海上英国舰队的袭击。在这样的情况下，统帅一只舰队就很困难了。更何况这还是一只拥有350艘战舰，近3万人的大舰队。
终于在经过了近一个月的航行后，在6月10日，这支舰队终于达到了马耳他岛。
这座岛也是拿破仑的目标，这是一座很小的岛屿。在地图上若不是仔细观察的话甚至都找不出他来。但就是这么一座小岛。却横在地中海的中央。他和意大利利比亚一起将地中海分为了东西两半。
这样一座岛屿有怎样的军事意义自然不用说。
面对这样一座岛屿，身为优秀指挥官的拿不了，怎么可能放过他？
于是拿破仑到达马耳他岛后，就要求马耳他岛的军队投降，马耳他岛的统治者是马耳他骑士团。这支部队最早的历史甚至可以起源到十字军东征的时期。
但就是这么一只源远流长的军队，此刻已经跟不上历史的脚步了。面对拿破仑3万大军。他们根本就没有任何可以反抗的力量。
于是拿破仑没费周折就达到了目的，他逼迫马耳他岛投降，并且宣布了马耳他岛为法兰西共和国的领土。