七月中旬，山东的局势愈发明了。在明朝军队的合力围剿之下，起义军节节败退。徐鸿儒当机立断，保存有生力量，放弃争夺巨野、郓城，挥师东进，三渡运河，意图抄袭官兵后路。
不得不说，徐鸿儒是个有能力的人。他决定灵活用兵，避实击虚，直插运河重要渡口夏镇，抓住京杭运河的咽喉，切断朝廷漕运粮饷的通道，并在彭家口截获官府粮船40艘。
消息传到京城，又是引发了震荡。朱由校也是趁此时机，招开朝会，准备与群臣商讨海运事宜。在继位之初，他就有提过海运，但可惜收获寥寥；运河是朝廷命脉，况且百万曹工衣食所系，大臣们的谨慎是应该的，但是现在看来是不得不要做出改变了，海河联运不能再仅局限于辽东军务，而是要推广全国。
朱由校并没有什么过人的权术，毕竟前世他只是一个正常人，而今世他受的帝王校教育甚少，一切都是从实践中摸索的，但是现实比权术的施压效果更好，这个道理大家都是懂的。
明初，漕运方式是水陆兼挽，参以海运。永乐十三年，运河全线畅通，明王朝行“支运”之法，以运河漕运取代“海（河）陆”兼运。此后，历代虽都有所改革，宣德六年，始行“兑运”，成化七年实行“长运”（直达法）；但是不论怎么改变，都是以运河漕运为主，海运被彻底的放弃了。
其实这是很好理解的事情，虽然漕运的成本与速度逊于海运，但是胜在安全稳妥。对于一个帝国来说，这些多余的成本完全是可以承受的，甚至是可以忽略的，但稳定是几乎可以压倒一切的。
海运其实在明朝是从头到尾都有人提过的。
明代的海运衙门初设于永乐间，永乐五年八月，成祖会群臣廷议海运事，议于苏州府太仓卫设海道都漕运使司衙门。朝中有异议者，此方案复议，最后不了了之。正统七年三月，朝中命南京造“洋船”三百五十艘，由海运赴蓟州诸仓，后来因为争议太大，就此不了了之。
大明朝廷上主流的声音一直认为设置海运衙门多有不便，畏难情绪比较大，此事遂多掣肘。之所以如此事大家怕出了问题，要担责任的。朱由校知道，此时的自己绝对不能作崇祯，竟然大家都怕担责任，那责任就得自己来担。
天启元年八月五日，经过数天朝议，朝廷决定设海运使司衙门。总部设于天津，而在广州、福州、苏州、胶州各设一分部。每个街门置左右运使两员，秩从二品；同知二员，秩从三品；副使四员，秩从四品；此外经历司经历，照磨司照磨等属官均按照布政司衙门设置。各沿海卫所俱属提调。
并令各地建造大海船，以备使用。海运的问题解决了，历史的错轮向前滚动了长长的一段距离，接下来就应该是海关与海盗了。
在京城朝议结束的时候，山东的叛乱也被平息了大半。朱由校是打算让京营去见血的，但是戚金与徐光启认为经营仍然是训练不足，不堪大用；朝臣们又都表示京营承担拱卫京师之重任，不可妄动；而且从山东的战报中看，目前形式很好，并不需要大规模增兵。于是朱由校便也没再坚持，专业的事情还是让专业的人去决断吧。
大明，山东承宣布政使司境内
起义军已经被官兵打的损失惨重，于是徐鸿儒决定放弃攻城计划，一方面佯攻曲阜，主力却抄袭官军营。事实证明，这个决定是正确。因为军营受扰，军中立刻出现了骚乱，甚至险些引起营，明军啸杨国盛部被击溃；大明游击将军张榜殉国。起义军收获了大批粮草和武器，并且打算依托城池进行固守。
在杨肇基的指挥下，明军放弃了“长驱直入，分进合击”的战术，开始“稳扎稳打，步步为营”﹐利用明军的训练、后勤与武器装备明显优于起义军的优点，进行阵地战消耗战。最后围困徐鸿儒军于滕县。八月九日﹐徐鸿儒粮尽援绝﹐突围不成而被俘，目前已经被压送京师。
起义军主力被打败后，余于残党大多作鸟兽散，成了山贼，土匪盘踞深山老林之中；剩下那些赋予顽抗的，自然也被捻为跻粉。
这这样，历时100余天徐鸿儒起义结束了。战乱的范围遍及半个山东省，山东现在流民遍地，十分萧条。于是在朝廷给粮给地的承诺下，大批留离失所者选择了移民辽东。
山东正在逐步的恢复着，甚至要变得比以前更好，因为海运的影响，大批商品涌入，经济社会反而开始变得更加繁荣。
辽东的人口变得更加充实，一座座屯田军堡拔地而起。
百姓们并不知道，山东的造反是朱由校有意放纵的结果，让更多的人成为移民才是朝廷的计划。他们只是知道，他们变成流民是因为战乱，战乱是因为有人造反，让他们活下去的是朝廷。
总之，一切都在向好发展：山东恢复了太平，辽东充实了人口；东南沿海以及大明其他的沿海各省，因为朝廷重开海运、厂造大船的政策，使得本来就十分繁荣的海贸（绝大部分都是走私）更上一层楼。